Die Registrierung in Deutschland erfolgt nach gewissen Grundsätzen, ich habe mal den entsprechenden Teil hineinkopiert, den gesamten Artikel findet ihr hier: http://swissvat.ch/fileadmin/editors/publikationen/mf_MWST-CH-EU.pdf
"Im Gegensatz zur Schweiz kennt Deutschland keine Umsatzlimiten für die MWST-Pflicht bei ausländischen Unternehmen. Demnach kann ein Schweizer Unternehmen theoretisch schon mit einem einzelnen Umsatz mit geringem Wert in Deutschland MWST-pflichtig werden. Selbst steuerfreie Umsätze können eine MWST-Pflicht auslösen.
Jedoch sieht das deutsche Umsatzsteuerrecht vor, dass bei steuerbaren Dienstleistungen jeglicher Art und bei werkvertraglichen Lieferungen, welche von in der Schweiz ansässigen Unternehmen an Unternehmen oder juristischen Personen des öffentlichen Rechts erbracht werden, der Empfänger der Leistung die deutsche Umsatzsteuer schuldet. Dies gilt auch dann, wenn der Abnehmer selbst im Ausland (d.h. nicht in Deutschland) ansässig ist. Diese Regelung hat zur Folge, dass sich der Schweizer Leistende in den genannten Fällen nicht in Deutschland umsatzsteuerlich registrieren lassen muss und die Rechnungen ohne deutsche Umsatzsteuer ausstellen kann. In den Rechnungen ist jedoch auf die Steuerschuld des Empfängers hinzuweisen (z.B. „Leistungsempfänger schuldet die Umsatzsteuer“). Folgende Transaktionen können hingegen eine MWST-Pflicht von Schweizer Unternehmen in Deutschland auslösen:
• Ein- und Weiterverkauf von Waren innerhalb Deutschlands
• Import von Waren in Deutschland durch den Schweizer Lieferanten
• Steuerbare Dienstleistungen und werkvertragliche Lieferungen eines ausländischen Unternehmers für die der Schweizer Empfänger Steuerschuldner ist (z.B. Leistungen von ausländischen Subunternehmern)
Wird ein Schweizer Unternehmen in Deutschland MWST-pflichtig, so hat es sich beim Finanzamt in Konstanz zu melden und erhält von diesem eine Umsatzsteuernummer. Sofern eine Teilnahme am innergemeinschaftlichen Waren- und Dienstleistungsverkehr vorgesehen ist, kann zusätzlich eine sogenannte deutsche Umsatzsteuer-Identifikationsnummer (USt-IdNr.) beim Bundeszentralamt für Steuern beantragt werden. Nach erfolgter Registrierung hat das Schweizer Unternehmen monatliche oder vierteljährliche MWST-Abrechnungen (sog. Umsatzsteuer-Voranmeldungen) abzugeben. Zusätzlich ist eine Jahresmeldung einzureichen. Werden Waren innergemeinschaftlich (d.h. von einem EU-Land in ein anderes EU-Land) geliefert oder eingekauft, sind weitere Meldungen, namentlich die Zusammenfassende Meldungen und gegebenenfalls Intrastat-Meldungen, erforderlich. Die Benennung eines Fiskalvertreters ist in Deutschland nicht erforderlich. Durch Gestaltung kann gezielt – je nach Bedürfnis des Unternehmens – eine MWST-Pflicht im Ausland begründet oder vermieden werden."